ドキュメントが古いようですが、
MonobitEngine.VoiceChat.MonobitMicrophone.MicrophoneDeviceName
というものが、デバイス切り替えのための変数になっているようです。
ここに UnityEngine.Microphone.devices(string[])から取得できる「デバイス名(stringで示される文字列情報)」を代入することで、マイクの切り替えができます。
詳しい使い方は、公開されている VR Voice Chat with MUN のパッケージに含まれる、RandomMatchingReconnectedサンプルを見ればわかると思います。